在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉

设定在全世界拥有超过50亿用户的虚拟网络世界《U》，主人公“铃”是生活在乡下的17岁高中女生，年幼丧母，并留下心理创伤。曾经喜欢和母亲一起唱歌的她，也变得不再开口歌唱，而在与父亲的日常相处中也渐生隔阂